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便秘的原因常常分為三大類：第一類，各種器質(zhì)性疾病導(dǎo)致的便秘，第二類，功能性便秘，第三類，藥物相關(guān)的便秘。與器質(zhì)性疾病有關(guān)的便秘常見于腸道的各種疾病，比如腸道腫瘤、腸結(jié)核、炎癥性腸病、腸粘連、腸梗阻等。此外全身代謝性疾病，比如糖尿病、甲減可以導(dǎo)致便秘。腦血管疾病等神經(jīng)性疾病，可以引起便秘。另外，長期的慢性疾病以及肌肉的疾病，也可以影響腸道的傳輸功能引起便秘。與便秘有關(guān)的藥物，主要包括抗膽堿能藥物、抗抑郁藥物，以及鈣拮抗劑，這主要是用于降高血壓的，以及鈣劑、鐵劑，也可以引起便秘。
功能性便秘常見于慢性功能性便秘，以及便秘型腸易激綜合征。主要原因是腸道的傳輸較慢，這主要見于飲水比較少、攝入膳食纖維不足，以及運(yùn)動比較少的人。包括有些人會經(jīng)常抑制排便，以及不正確的使用瀉劑，都可以影響腸道的功能。盆底肌肉的功能障礙，比如經(jīng)產(chǎn)婦，也可以出現(xiàn)排便障礙性便秘。此外，即使腸道傳輸功能正常，像腸易激綜合征的病人也可以出現(xiàn)便秘，這主要是和精神心理因素有關(guān)，常見于伴有焦慮、抑郁情緒的病人。