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兒童腦干膠質瘤預后非常差，總的生存期僅僅在7-14個月之間。影響兒童腦干膠質瘤的因素主要包括病程時間長短，術前是否伴有腦神經麻痹，腫瘤的性質、生長特點、組織學類型等。

外科放射治療是目前常用的控制兒童腦干膠質瘤的手段，而治療兒童腦干膠質瘤的方案，大部分剛完成二期臨床試驗，或處于二期臨床試驗中。目前關于該疾病的靶向治療、自體干細胞移植、免疫治療等方法一直處于研究當中，隨著對兒童腦干膠質瘤分子病理學的深入，尋找放療增敏劑及各種個體化治療方案的出現(xiàn)，最終將會提高兒童腦干膠質瘤的預后。