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胚胎性橫紋肌肉瘤占所有橫紋肌肉瘤病例的57%，5歲以下的橫紋肌肉瘤兒童中胚胎性橫紋肌肉瘤居多，是橫紋肌肉瘤中預(yù)后最好的類(lèi)型。胚胎性橫紋肌肉瘤不一定表明來(lái)自母胎。橫紋肌肉瘤是由發(fā)育異常的早期肌肉細(xì)胞發(fā)展而來(lái)，目前確切的發(fā)病原因仍不明確，但可能與遺傳因素、染色體異常、基因融合等因素有關(guān)。

目前已知某些特定的基因或染色體異常和橫紋肌肉瘤發(fā)病有關(guān)，比如部分胚胎性橫紋肌肉瘤存在11號(hào)染色體雜合缺失，部分腺泡狀橫紋肌肉瘤中存在染色體易位，如2和13、1和13染色體分別形成相應(yīng)的融合基因PAX3和PAX7。另外，有些遺傳疾病和先天綜合征，如利弗勞梅尼癌癥易感綜合征、Ⅰ型神經(jīng)纖維瘤病、貝威綜合征等，也與橫紋肌肉瘤的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)增高有關(guān)。但需注意這僅能解釋極少數(shù)病例。

胚胎性橫紋肌肉瘤也是惡性腫瘤，僅少數(shù)病例發(fā)病與染色體、基因異常有關(guān)。