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房間隔缺損屬于多基因遺傳而非單基因遺傳疾病，在先天性心臟病中較為常見且女性與男性比例大致為1.7:1。先天性心臟病發(fā)病與遺傳、母體和環(huán)境因素有關，遺傳因素包括單基因遺傳缺陷如Holt-Oram，也包括染色體畸變?nèi)缣剖暇C合征等。

但多數(shù)先天性心臟病還是屬于多基因遺傳缺陷，即多種因素造成的疾病。其中母體因素主要包括感染和疾病，胎兒心臟發(fā)育期即早期妊娠3個月左右時，如果母親出現(xiàn)風疹、發(fā)熱、上呼吸道感染等病毒感染，會導致胎兒心臟房間隔發(fā)育異常。若母親早孕期間接觸大劑量射線或服用藥物，也可能造成胎兒畸形包括心臟發(fā)育畸形，對于高齡產(chǎn)婦或母親有糖尿病等代謝疾病的情況，也會發(fā)生房間隔缺損。